一、高新區管理體制改革與創新的主要目標和基本原則
　　1.高新區管理體制改革與創新的主要目標是，在"十五"期間初步建立適應社會主義市場經濟要求和高新技術產業發展規律，符合WTO規則的管理體制和運行機制，建立起"精簡、統一、高效"的管理體系和市場化的服務體系，以及最大限度地激發科技人員創新創業積極性、有效規范市場主體的政策法規環境。進一步發揮高新區體制創新與技術創新的優勢，提高高新區作為高新技術產業化和國際化重要基地的地位，為新世紀加快高新技術產業的發展提供體制保障。
　　2.推進高新區管理體制改革與創新，應按照解放思想、實事求是的原則，與時俱進，不斷創新，充分體現建設我國社會主義市場經濟體制和適應經濟全球化的改革方向；充分適應先進生產力發展的要求；充分適應產業結構調整和所在地科技、經濟及社會協調發展的需求；充分吸收和借鑒國際成功做法，講求實效、逐步深化，防止舊體制的復歸。對于經濟事務，凡通過市場機制能夠解決的，應通過市場機制解決。
　　二、完善高新區的管理體制與運行機制
　　3.高新區管理機構要按照"精簡、統一、高效"的原則不斷推進職能轉變。在爭取必要的自主權的同時，對區內要壓縮管理層次，減少審批事項，簡化辦事程序，杜絕"因人設事"、"因人設機構"，堅決撤并不需要獨立設置的部門和機構，實行"一棟樓辦公，一站式服務"和"一個窗口對外"的集中管理模式和科學規范、便于社會監督的行政管理制度。對當地政府賦予的審批職能，要實行"政務公開"、"權責統一"、"限時辦理"等制度，使企業在高新區內得到高效、便捷、優質的服務和管理；對需由其他部門審批的事項，要在企業與審批部門之間充分發揮協調、溝通作用，實行代辦、協辦，使企業能真正專注于自身的研究開發和生產經營活動。
　　4.高新區管理機構要倡導在保證高效率的前提下，實行"行政決策咨詢制度"，組織各類專家和中介服務機構更多地參與決策預研，支撐高新區行政管理的決策工作。對高新區的重大決策和行政行為，做到重大事項先咨詢、后決策；重大項目先論證、后立項；重要工作先評估、后驗收，試行園區重大決策聽證制度和政務信息公開制度，全面推進決策的科學化和民主化。
　　5.改革用人制度，提高高新區管理干部的思想業務素質。高新區管理機構要實行全員聘用制和崗位目標責任制，建立健全崗位考評制度，大力推行"公開招聘、競爭上崗、年度測評、末位淘汰"等有利于人盡其才的用人機制，不斷提高管理隊伍的素質與水平。要進一步轉變工作作風，樹立服務意識，弘揚敬業奉獻精神，提倡勇于創新、敢為人先，善于實踐、寬容失敗，鼓勵競爭、提倡合作的良好風氣，形成高新區先進文化的濃厚氛圍。要將思想文化建設與健全激勵機制有機結合起來，允許高新區在加速發展高新技術產業的同時，積極探索和實行新型的分配辦法。
　　建立和完善高新區管理干部崗位培訓制度，根據不同崗位對任職人員的知識、能力和思想要求，確定相應的培訓內容和方式，制定培訓計劃，每年每人至少參加不少于一周的相關培訓。對上崗和轉崗人員必須進行崗前培訓，切實保證高新區管理人員素質的不斷提高。
　　6.大力加強和改善社區管理與服務。隨著區內企業和從業人員的不斷增加，各高新區必須把創造優良的社區環境提到重要議事日程。要避免走"政府辦社會"的老路，根據本地情況，在當地政府支持下因地制宜地建立社區服務體系。建在城區內的高新區要充分利用當地的環境、衛生、醫療、文化、教育等社區服務組織，"不求所有，但求所用"，通過區內外共建等方式提高社區服務水平。對高新區內新建區，要對社區建設進行總體規劃、給予必要的投入，并在社區建設與管理中通過招標等方式引入市場機制，加快建設步伐。
　　三、建立健全社會中介服務體系，發揮中介服務機構在高新區的重要作用
　　7.建立健全中介服務體系，是高新區實現高效管理、優質服務的重要基礎。要強化體制創新和科技創新，致力于創造更為完善的吸引高新技術投資創業的環境。各級政府、科技管理部門和高新區要進一步支持各類科技企業孵化器建設，落實有關政策。特別要在科技企業孵化器與各類中介服務機構之間建立長期穩定的協作關系，使科技企業孵化器成為各類中介機構了解企業服務需求、為企業提供全方位服務的橋梁和紐帶。有條件的地方要依托大學、科研機構和企業，興辦能夠為創業者提供共用技術開發平臺服務的專業技術孵化器、大學科技園、軟件科技園、留學人員創業園、國際企業孵化器。要鼓勵高新技術企業或民營科技企業等社會力量興辦各類孵化機構，并給予必要的指導和扶持。同時要圍繞促進智力要素和資本要素的結合，大力支持與融資有關的中介機構的建設。
　　8.充分發揮中介服務機構的作用。要吸引、組織和協調區內外的各類中介服務機構，積極為高新技術企業提供管理、技術、市場營銷、信息、人才、財務、金融、法律等方面的服務，使之成為高新區管理與服務功能的有效延伸，大幅度提高各項服務的專業化、市場化和國際化的水平。要鼓勵和支持社會力量創辦中介服務機構，大力促進科技類民辦非企業單位等民間機構發展，壯大科技中介服務機構隊伍。通過中介服務體系使高新技術企業與國內外生產要素市場建立緊密聯系，快速聚集各類資源，加速高新技術產業發展。
　　9.高新區要重視和加強知識產權保護工作，加強知識產權管理制度、保護能力和服務體系建設。采取措施扶持園區專利事務所、商標事務所、版權代理中心以及律師事務所等知識產權保護專業機構發展，促進區內企業知識產權的有效保護和廣泛利用，推動從事知識產權法律事務的中介服務機構發展。同時，要鼓勵和支持高新技術企業自發組建各類知識產權保護的自律性和維權性社會組織，逐步形成專業性或區域性知識產權保護組織，提高自我保護和管理能力。
　　10.要率先在高新區完善中介服務組織的政策環境。制定和實施調動社會力量興辦中介服務機構的相關政策，各類中介服務機構從業人員資質標準和管理辦法，以及推行行政決策咨詢的相關制度等，為中介服務機構的發展提供公開、公平、公正的外部環境。同時要大力宣傳科技中介對高新技術產業的推動作用，重點宣傳企業、科研機構、高等學校依托科技中介提高競爭力，高新區依托科技中介避免決策失誤的成功案例，促進社會對科技中介的了解與支持，逐步形成信賴科技中介、依靠科技中介的市場環境。
　　四、建立多元化投融資體系，完善高新區的投資環境
　　11.要培育資本市場，建立多元化投融資體系，鼓勵社會各類投資主體參與高新區建設發展。逐步建立風險投資機制，發展風險投資公司和風險投資基金，探索建立多層次、多渠道的風險投資撤出機制，根據國家有關規定推進股權激勵試點工作，加大對成長中的高新技術企業的支持力度。鼓勵境內外民間資本在高新區設立風險投資機構。
　　12.建立健全高新區公共財政管理體制，加大對高新區公益性基礎設施以及科技、教育等公共事業發展的投資力度，不斷完善投資環境。對經濟效益顯著、民間資本積極投資的項目，要以社會投入為主、政府財政資金投入為輔；要在高新區基本建設中引入競爭機制，引導和調動社會力量投入開發區建設。
　　13.提高高新技術企業直接融資能力，鼓勵高新技術企業依照有關規定進行融資。
　　五、加強對高新區管理體制改革與創新的支持和領導
　　14.高新區管理體制的改革與創新是高新區實現跨越式發展目標的根本動力和保障，是發揮高新區體制優勢的重要前提。各地人民政府要進一步加強領導，支持高新區管理體制的改革與創新。各高新區管理機構要進一步統一思想，開拓進取，不斷探索適合社會主義市場經濟體制要求的高新區發展模式，努力營造有利于高新技術產業發展的環境，為我國科技、經濟和社會發展作出更大貢獻
　　15.高新區所在市政府要加強對高新區的領導，根據當地條件在財政、土地、規劃、勞動人事、外事和項目審批等方面落實高新區管理權限，促進高新區行政管理效率的提高。要根據高新技術產業發展的實際需要，科學合理地設置高新區行政機構，不求上下對口。有關部門在區內設置的派出機構要進一步完善管理和服務工作，切實促進高新區的改革和發展。
　　16.推進高新區管理條例等相關法規的制定工作。支持各級人大和政府的立法及政策制定工作，明確高新區的法律地位，依法調整高新區內的行政、事業、企業等各類主體的行為，保護各類行為主體的合法權益，進一步改善創新創業的環境，使高新區的發展走上法制化、規范化的道路。
　　17.科技部將及時總結高新區體制改革經驗，予以分類指導。對連續多年辦得好，發展快，管理體制合理，已經上規模、上水平的高新區，給予鼓勵；對個別高新區多年發展緩慢，改革力度不大，措施不力，將限期整頓，直至報請國務院批準取消其國家高新區資格。